Javier Saviola per molti anni è stato uno dei protagonisti indiscussi del campionato spagnolo. Nell’estate del 2001, dopo essere esploso in patria con il River Plate, si trasferisce al Barcellona. La dirigenza blaugrana ripone in lui grandi aspettative, lo stesso Maradona lo definisce come il suo degno erede.
A Barcellona disputa in tre anni 105 partite, segnando 44 gol in campionato. Con l’arrivo in panchina di Louis van Gaal e del suo successore Frank Rijkaard, viene relegato spesso in panchina non trovando spazio come prima.
Viene così ceduto in prestito nel 2004 al Monaco, poi nel 2005 torna in Spagna al Siviglia. Qui disputa 29 partite, segnando 9 gol in campionato, e risulta decisivo nella vittoria finale della Coppa UEFA.
Nella stagione successiva torna al Barcellona e ci rimane fino al termine del suo contratto nel giugno 2007. Al termine del campionato, firma un contratto quadriennale con il Real Madrid dove si trasferisce a parametro zero, ma non vedrà quasi mai il campo.
Dopo essere rinato in Portogallo con il Benfica, il 31 agosto 2012 passa al Málaga firmando un contratto annuale, ritornando così a giocare nuovamente nella Liga per la terza volta. Sarà la sua ultima esperienza in Spagna, lascerà la Liga con 8 gol siglati in 27 presenze.
Dopo Olympiakos e Verona, decide di chiudere la carriera nel 2017 lì dove tutto è iniziato. Al River Plate. Nel febbraio del 2018 si accorda con l’Encamp, società di calcio a 5 dell’Andorra, contribuendo alla vittoria di due campionati andorrani consecutivi e debuttando inoltre anche nella Champions League.